Do you mean by … 라고 쓰는 경우가 있고

그냥 

Do you mean .. 이라고 쓰는 경우가 있는 것 같은데요..

용도와 의미의 차이를 아직 캐취 못하고 있습니다.

설명해 주실 분 있으실까요?

두 문장 모두 의문문이라고 짐작하다면 ‘do you mean by…’ ‘do you mean…’이라는 표현은 없다고 봅니다. 다음의 표현들은 있습니다.

What does this mean? this은 무슨 의미인가요?

What do you mean by that? 당신은 that으로 무엇을 의미하는가요?

미국 동료들처럼 얘기하다보니 저도 what 을 빼먹었네요.
말씀하신대로.. what do you mean (by) 를 질문했습니다.

한글로 답변을 주셔도 크게 차이를 못느끼고 있습니다.
that 으로 무엇을?

한글을 못하면 영어도 못하는게 맞는것 같네요. ㅠㅠㅠ

위의 두 문장이 같은 의미입니다. 상황에 따라서 앞문장이 쉬운 경우도 있고 뒷문장이 적당한 경우도 있습니다.

요런 것도 있죠.

병1: I tried 짬장면 yesterday and it was really good.
병2: You mean 짜장면?

> ‘do you mean…’이라는 표현은 없다고 봅니다.
Do you really mean it? 이런 거 있잖아요.

mean의 목적어에 대한 의문이라면 물론 what으로 시작하겠지요.

그리고 일반 대화에서는 의문이라도 평문인 경우가 있죠. 인토네이션이 다르지만요.