미국 공대 석사과정을 보니 논문쓰는 석사가 있고 수업만 듣고 학위를 하는게 있더군요. 이 경우 보통 입학할때 결정하는건지 아니면 나중에 선택해도 되는건지요?

그리고 논문 안쓰고 학위를 받을경우 논문 석사에 비해 많이 불리한점이 있나요?

보통 thesis / non-thesis track 이라고 했던 거 같습니다.
thesis 트랙을 타면 담당 지도교수 지도 하에 논문을 작성하고 저널 혹은 컨퍼런스에 투고한 후 이를 졸업논문으로 사용합니다.
non-thesis 는 대부분 수업만 듣고 졸업하는 직장인용 석사 같은 느낌이지만, 풀타임 학생들도 곧잘 non-thesis 를 하곤 합니다.
박사과정 진학할 연구실적이 필요한 거 아니면 논문이 꼭 필요한 건 아닙니다.
연구직이 아니라면 대부분의 회사 역시 신경쓰지 않습니다.

미리 정해지는 경우와 들어가서 선택하는 경우 두 가지가 모두 있습니다. 지원하는 학교에 알아보셔야 합니다. 전자의 경우 디그리 이름이 약간 차이난다거나 할 수도 있습니다. 박사를 할게 아니라면 어떤 석사를 하든 상관없습니다.

석사 과정 이름이 다르거나 1년 과정으로 논문 없는 과정임을 미리 안내함. 석사 논문 여부는 취직이나 박사 진학에 차이 없음.

어떤 경우는 박사 진학에 영향을 주기도 합니다.

논문 안쓰는 석사는 10과목 듣고, 쓰는 석사는 8과목 + 논문
논문 안쓰는 석사는 여름학기 포함 1년에 끝낼 수 있음

논문 안쓰는 석사는 그냥 학사의 연장이지요.
높게는 못가요.

그렇게 옆사람이 머했는지 따지기 좋아하는 한국에서도 논문 썼는지 않썼는지 석사는 별 상관 않합니다. 미국은 경력만 훌륭하면 학사라도 오케