Would you please pack them separately, if you don’t mind? 라고 하시면 됩니다.
표현은 이 외에도 많긴 하지만, 원글님이 말씀하신 문장에서 individually 보다는 separately를 쓰셔도 되구요.
다만 Can you~?보다는 Would you~? 나 Could you~?가 더 공손한 표현입니다.
마지막에 if you don’t mind를 씀으로써 더 정중한 표현이 되지만 쓰셔도 되고 안쓰셔도 됩니다.