안녕하세요, 한 동안 인터넷 뒤지고 학교 세금 담당자와 상담했지만 여전히 잘 모르는 부분이 많아 염치 불구하고 질문 드립니다.

1.
저는 작년 9월부터 포닥을 시작해서 올해 2년차가 되었고 이번에 2023년도 세금 신고를 진행중입니다.
W-2를 발급 받았고, 1042-S폼을 받지 못해 택스 부서에 문의, SSN이슈로 발급이 되지 않았다고 답변 받았고 그 이후에 발급 받을 수 있었습니다. 1042-S에는 W-2 box18 Local wages와 같은 값이 찍혀서 나왔습니다.
이 때 W-2 box1에는 box16과 같은 state wages, tips, etc 총액과 같은 금액이 찍혀있는 상태인데, Glacial Tax Prep 을 통해 세금을 보고할 때 이 숫자를 그대로 입력할 경우 form 1042-S의 income과 합산되어 total taxable income이 두 배로 나타났습니다 (W-2 box 16+box 18). W-2의 box2 Federal tax withheld는 0으로 정상적으로 기입되어 있는 상황이었구요 (제가 이해하기로는 federal tax withheld가 0이고 box1에 wage가 찍혀있다면 federal tax를 징수하지 않았다는 의미로, box1에 해당하는 tax를 납입해야한다는 의미로 해석해야하는 것 같았습니다).
학교 택스 담당자와 상담 후 box1 값을 0으로 기입하는게 맞다고 안내 받아 federal tax의 경우 그러한 방법으로 진행했습니다. 담당자의 말로는 box2의 값이 0으로 기입되어 있기 때문에 IRS에서 Form 1042-S와 대조하여 판단할 것이므로 W-2의 box1은 신경쓰지 않고 원본을 그대로 제출해도 된다고 들었습니다. 일단 여기까지 하는 과정에서 문제가 없는지 궁금합니다.

2.
그리고 State tax return의 경우 주 홈페이지에서 Form 40NR을 작성 중인데 모르는 게 정말 많습니다.
와이프와 함께 포닥을 나와서 Federal의 경우 1040-NR로 separate filing을 진행했고, state의 경우 joint filing이 가능하다고 하여 joint로 진행중입니다.
W-2 정보 기입란에 위에서 안내 받은대로 Federal wages (Box1 of Form W-2)를 0으로 입력하면 최종적으로 세금을 상당히 뱉어내게 나옵니다. 일반적으로 소액 환급 받는 수준이라고 들었는데 W-2입력을 잘못한 것인지 이게 정말 헷갈립니다. W-2를 원래 받았던 표의 값을 그대로 입력하는 경우 refund 금액이 20달러로 표시되는데 수치만 봐서는 이게 맞는게 아닌가 싶거든요. 근데 그 경우 federal tax 보고에서 W-2 box1을 수정해야한다고 안내 받았던 것과 상충하는 내용이라 어떻게 하는게 맞느지 모르겠습니다.

3.
마지막으로 pretax deduction으로 납입하고 있는 403b, medical, dental insurance의 경우 itemized deduction 항목 포함하여 어디에도 입력하는 칸을 찾을 수 없었는데 세금 보고시 무시해도 되는 부분이 맞나요? W-2에는 해당 항목들이 적혀있지만 GTP에는 입력하는 칸이 없었고 Form 40NR 작성시에도 적을 수 있는 칸은 없을 것으로 보였습니다. 특히 은퇴연금의 경우는 403b를 employer matching 만큼 traditional로 납입하고 있고, 457b에 roth로 max out하고 있습니다.

자잘한 것들은 모아서 학교 직원과 미팅을 잡으려고 하는데 아무래도 이 부분들은 직원과 이야기해도 명확하지 않아 질문 드립니다.
전문가님들의 고견을 부탁 드립니다.
감사합니다